Da Paddington modtager et brev fra hjemmet for pensionerede bjørne i Peru, bemærker han, at hans elskede Tante Lucy opfører sig mærkeligt. Sammen med familien Brown rejser han derfor til Peru for at besøge hende. Turen viser sig dog hurtigt at blive et større eventyr, end nogen havde forudset.
Tante Lucy er på mystisk vis forsvundet, og i jagten på at finde hende, må de begive sig dybt ind i Amazonas regnskov og højt op i de peruvianske bjerge. Her må de stå ansigt til ansigt med mystiske gåder, farlige udfordringer og hemmeligheder om Paddingtons fortid.
